PHP - Conexiones simultaneas con varias bases de datos

Hola,
estoy manteniendo una aplicación hecha con PHP y varias bases de datos, y ahora se me presenta un problema; tengo que mantener la transaccionalidad entre las bases de datos, es decir, si hago un cambio en una base de datos y algo va mal en las otras pues tengo que deshacerlo todo, para solucionarlo he pensado en utilizar las sentencias de mysql BEGIN, COMMIT y ROLLBACK y bueno parece que así podría funcionar, pero para saber si tengo que hacer COMMIT o ROLLBACK tengo que mantener una conexion a cada una de las bases de datos de forma simultánea, y dependiendo del resultado realizar una cosa o la otra, bueno pues mi problema es que no soy capaz de mantener varias conexiones simultaneas, hago una conexión a cada una de las bases de datos, cada una la guardo en un array y luego utilizo la conexión para realizar las operacion; pero según he podido observar, siempre ejecuta la sentencia SQL sobre la misma base de datos, es como si confundiera sobre qué base de datos operar.

Espero haberme explicado, gracias por vuestra ayuda.