hola Christian
bueno, quieres hacer el backtracking en prolog o quieres usar tu programa de prolog en java?, pues, cuando instalas el interprete de prolog te dan una libreria jar que la puedes poner las librerias ext de jdk y jre para que puedas usar la clase que ellos hacen con los metodos donde ejecutas las preguntas y te regresa el resultado, cada version del prolog tiene su libreria y te explican como usarla, si quieres te envio algunos ejemplos del uso de la libreria, para usarlo desde eclipse, solo debes agregar el archivito jar que trael prolog como libreria externa del proyecto.
ahora si lo que quieres es hacer el backtracking, desde prolog pues estas en el mejor camino para ese tipo de algoritmos, lo que deberias hacer es definir un poco mas los requerimientos y me comentas para ayudartelo hacer. estos algoritmos computacionales son muy sencillos de interpretar desde el calculo de predicados.