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Hola quisiera saber si pymol sirve para la web porque debo decidir entre python y java para una aplicacion bioinformatica y me gustaria que me ayudaran.
Python dispone de varios módulos para la programación web, puedes mirar urllib, smtplib, httplib... Para realizar programación orientada a la bioinformática, puedes usar biopython y rpy (para usar R desde python)