Hola Carlos, el sistema del lugar donde trabajo es así, y la verdad no hay nada que configurar, asumiendo que el lector funcione correctamente claro está.
Pues el lector básicamente lo único que hace es leer la secuencia del código de barras del empleado, luego lo pone en la casilla de texto o aplicación (podria ser un bloc de notas o Word por ejemplo para que lo pruebes) donde se encuentre posado el cursor y seguidamente ejecuta una instrucción equivalente a presionar la tecla Entrada.
Yo lo que hago es algo asi:
Tengo un textbox, un MSFlexGrid y una función que valide el codigo de barras leido, tengo una base de datos con una tabla donde estan los empleados identificados por numero de empleado, este numero vendria a ser los penultimos 2 numeros del codigo de barras por ejemplo 2600000000456 seria el empleado numero 45 y una tabla donde se registran las marcas.
En el evento KeyPress del textbox que recibe la secuencia del codigo de barras vendria esto:
Private Sub textbox1_KeyPress(KeyAscii As Integer)
If KeyAscii = 13 Then
ValidarCodigo
End If
End Sub
Y pues la funcion ValidarCodigo lo que hace es extraer los 2 penultimos numeros del codigo de barras, preguntar si existe ese empleado, si existe graba la marca en la tabla de marcas y refleja la marca en el MSFlexGrid para que el empleado vea que la marca se realizo, si el codigo leido no corresponde a un empleado pues se limpia el textbox y se posesiona el cursor de nuevo en el mismo.
Saludos!!