Java - ventanas

hola, tengo una aplicacion que abre una segunda ventana, pero al cerrar la segunda ventana, se cierra toda la aplicacion, mi pregunta es, como puedo cerrar la segunda ventana si que termine la primera.

espero me puedan ayudar, de antemano gracias

Estás usando System.exit desde algún método windowClosing? o algun EXIT_ON_CLOSE de setDefaultCloseOperation? elimina código como el primero, y si es el segundo tipo, usa en su lugar DISPOSE_ON_CLOSE