Java - Imprimir tildes

Hola.

¿Porqué no aparecen las tildes cuando se ejecuta, por ejemplo, un System.out.println("número")?
Gracias

Usa unicode, de tu ejemplo: System.out.println("n\u00FAmero")

¿Pero es la única manera de hacerlo? Cada vez que quiera poner una tilde tengo que buscar su código y escribirlo así?

En teoría, deberías tener un archivo properties con todos los strings de la aplicación. eso centraliza lo mensajes y los cambios ocurren en un sólo punto, además de que la aplicación estaría lista para I18N.