BigInteger valor inicial.
Hola.
bueno es sencillo, BigInteger tiene un constructor que recibe de parámetro un String y la base numérica(binaria,decimal,hexa,etc) de el número que le estés pasando en el string.
Ejemplo
//como el número es un número decimal lo de toda la vida, por eso le coloque 10, al parametro radix.
..
BigInteger big=new BigInteger("999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999",10);
System.out.println(big.toString());
....
recomendaciones, a usar esta clase, el número que pases en el string tiene que estar bien escrito sin espacios en blanco, o caracteres extraños.
link a la documentación oficial:
http://docs.oracle.com/javase/7/docs/api/java/math/BigInteger.html#method_summary
saludos