Java - Tengo un problema con un codigo en java que es para una busqueda bfs en grafo

//el inconveniente lo encuentro en la función findNeighbours.

//agradecería mucho a la persona que me pueda ayudar, en serio lo necesito es para un proyecto de la U. gracias

import java.util.ArrayList;

import java.util.LinkedList;

import java.util.Queue;

import java.io.FileNotFoundException;

import java.io.FileReader;

import java.io.IOException;

import java.util.Vector;

import java.util.Scanner;

 class LeerMatriz  {

        private Queue<Arista> queue = new LinkedList<Arista>();

	static ArrayList<Arista> nodes=new ArrayList<Arista>();

        //-------------------------------

	public ArrayList<Arista> findNeighbours(int adjacency_matrix[][], Arista x)

	{

		int nodeIndex=-1;

		ArrayList<Arista> neighbours=new ArrayList<Arista>();

                //el problema está aquí en esté for, precisamente en el if, no sé porque no entra al if

                //ya  he mirado casi todo, y no encuentro error

		for (int i = 0; i < nodes.size(); i++) {

			if(nodes.get(i).equals(x))

			{

				nodeIndex=i;

				break;

			}

		}

		if(nodeIndex!=-1)

		{

			for (int j = 0; j < adjacency_matrix[nodeIndex].length; j++) {

				if(adjacency_matrix[nodeIndex][j]==1)

				{

					neighbours.add(nodes.get(j));

				}

			}

		}

		return neighbours;

	}

	public void bfs(int adjacency_matrix[][], Arista node)

	{

            queue.add(node);

		nodes.get(node.getValor()).setVisitado(true);

		while (!queue.isEmpty())

		{

			Arista element=queue.remove();

			System.out.print(element.getValor() + ", ");

			ArrayList<Arista> neighbours=findNeighbours(adjacency_matrix,element);

                        //neighbours no acomoda su tamaño

			for (int i = 0; i < neighbours.size(); i++) {

                            System.out.println("**");

				Arista n=neighbours.get(i);

				if(n!=null && !n.isVisitado())

				{

					queue.add(n);

					nodes.get(n.getValor()).setVisitado(true);

				}

			}

		}

	}

        public static Vector<Arista> listaPuntos(int num){

            Vector<Arista> punt = new Vector<Arista>();

            for (int i = 0; i < num; i++) {

                punt.add(i, new Arista(i));

                nodes.add(new Arista(i));

            }

            return punt;

        }

	public static void main(String[] args) {

		int[][] matriz;

                System.out.println(" Ingrese el nombre del archivo");

                Scanner scanner = new Scanner (System.in);

                String archivo = scanner.next();

		try {

			BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(archivo));

			//Primera linea nos dice longitud de la matriz

			String linea = br.readLine();

			int longitud = Integer.parseInt(linea);

			matriz = new int[longitud][longitud];

			//Las siguientes lineas son filas de la matriz

			linea = br.readLine();

			int fila = 0; //Para recorrer las filas de la matriz

			while(linea != null) {

				/*

				 * Tenemos todos los enteros JUNTOS en el String linea.

				 * Con split() los SEPARAMOS en un array donde cada entero

				 * es un String individual. Con un bucle, los parseamos a Integer

				 * para guardarlos en la matriz

				 */

				String[] enteros = linea.split(" ");

				for (int i = 0; i < enteros.length; i++)

					matriz[fila][i] = Integer.parseInt(enteros[i]);

				fila++; //Incrementamos fila para la próxima línea de enteros

				linea = br.readLine(); //Leemos siguiente línea

			}

			br.close(); //Cerramos el lector de ficheros

			//Mostramos la matriz leída

			for (int i = 0; i < longitud; i++) {

				for (int j = 0; j < longitud; j++)

					System.out.print(matriz[i][j] + " ");

				System.out.println();

			}

                    //--------------------

		Vector<Arista> punt = new Vector<Arista>();

                punt= listaPuntos(8);

		System.out.println("The BFS traversal of the graph is ");

		LeerMatriz bfsExample = new LeerMatriz();

		bfsExample.bfs(matriz,punt.get(1));

		} catch (FileNotFoundException e) {

			System.out.println("No se encuentra archivo");

			e.printStackTrace();

		} catch (NumberFormatException e) {

			System.out.println("No se pudo convertir a entero");

			e.printStackTrace();

		} catch (IOException e) {

			System.out.println("Error accediendo al archivo.");

			e.printStackTrace();

		}

	}

}