Crea el JList usando un constructor que tiene un parametro ListModel. Le pasas como parametro, por ejemplo, un DefaultListModel. Luego puedes añadir y borrar elementos del DefaultListModel y se refrescara solo en la lista. Mas o menos
DefaultListModel modelo = new DefaultListModel(); JList lista = new JList (modelo); ...
modelo.addElement (unElemento); modelo.removeElementAt (3); etc.