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Yo lo que hago es un fichero de comandos .bat en el que arranco el programa y pongo variables de entorno y demás Su contenido sería algo asi como
set CLASSPATH=... java miprograma
Ese .bat es el que pongo en el escritorio, arrastrandolo desde el explorador de windows o con el botón derecho del ratón y el menu "enviar a ..." "escritorio".