Java - URGENTE: ¿Como presentar un programa JAVA?

Hola a todos, he terminado una aplicación de escritorio en JAVA. No se como presentarla, si dejarla como esta y añadir un fichero .bat(me parece cutre) o usar ficheros JAR(no se realmente que son ni para que se usan) o alguna otra alternativa. No se, a ver si me podeis ayudar y termino este proyecto fin de carrera que me esta dando tantos dolores de cabeza.

Saludos y gracias de antemano

Primero lo primero, una aplicacion java casi siempre se debe ejecutar con archivo bat, esto no por deficiencias sino como una ventaja de poder ejecutarse en cualquiere SO.
Cabe, hacerte notar que un archivo jar es un archivo zip pero con extension renombrada a jar pero con dos restricciones, no debe tener compresión y no debe contener rutas relativas.

Dije casi siempre porque hay algunos que prefieren:
1. Crear un ejecutable, pero eso te limita a usar solo window, en la red hay varias herramientas que lo hacen.
2. Se puede utilizar Java Web Start para distribuir tus aplicaciones, a ver te la pongo mas facil, para poder utilizar JWS necesitas el archivo jar y un xml que tendra por extension jnlp esto se coloca en cualquier servidor web y desde cualquier maquina (inclusive en tu universidad) te conectas al servidor y descargas tu aplicacion y se ejecuta en el cliente, la principal ventaja de esta alternativa es que cualquier cambio que hagas se verá reflejado en los cliente ya que el JWS siempre verifica si tiene alguna modificacion y luego descarga y ejecuta.

Bueno, Ojala te haya ayudado

Marco Antonio

Gracias Marco Antonio. Otra preguntilla, la ventana de depuración(esta negra vamos) se puede quitar de alguna forma. Es que resulta incomoda.

Saludos