Usando las clases Runtime y Process, ambas heredan de java.lang y no necesitan import.
Por Ejemplo, quieres ejecutar la orden ls para listar el contenido de un directorio. Sería algo de este estilo:
Runtime r = null;
Process p = null;
/* Se obtiene una instancia Runtime, se ejecuta el método exec que devuelve una instancia de tipo Process donde se indica el resultado de la ejecución */
r = Runtime.getRuntime();
p = r.exec("ls");
/* Hace que Java espere a que acabe la orden unix */
p.waitFor();
/* in es un BufferedReader donde se guarda
el resultado de la ejecución */
BufferedReader in=new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
/* En este caso se por experiencia que en cada
linea se guarda un nombre de fichero del resultado de la orden ls */
String valor = "";
while ((valor = in.readLine())!= null)
{
System.out.println(valor);
}
Espero que esto te sirva, de todas formas si tienes alguna duda dame un toque. Un saludo.