Hola, debes saber que en JAVA lo que se genera es un archivo .class que representan a los binarios, es decir esto puedes ejecutarlo sobre una maquina virtual de java. El codigo fuente es un archivo .java, por ejemplo miPrograma.java y al compilarlo (sino tiene ningun error) te genera un archivo: miPrograma.class. Existen ya muchas herramientas llamadas IDEs que te permiten hacer esta labor mas directamente, por ej: JBuilder, JCreator, Kawa, NetBeans, etc. Pero antes de hacer cualquier cosa debes tener instalado en tu computadora la Maquina Virtual de JAVA. Una vez que tengas esto, podras hacer lo siguiente:
----- archivo Fuente ------ miPrograma.java
------ en el path del archivo Fuente ------ javac miPrograma.java
------------------ Se compila y programa y si no tiene errores, tendras
-------- Archivo Binario miPrograma.class
Espero te sea de ayuda
SALUDOS Wilfredo Vargas Almendras
