Java - Duda Java

Hola soy un principiante en Java, alguien me podría decir...

¿Como pasar una String capturada de un fichero, a un array (supongo que de chars), para poder manipuilarla; ya que la clase String es solo de lectura?

Usa la clase StringBuffer:

String s = "Hola";
StringBuffer sb = new StringBuffer(s);
sb.append(new String(" a todos"));
String str = sb.toString();
System.out.println(str);

Checa las funciones disponibles para manipular cadenas que tiene esta clase:

http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/api/java/lang/StringBuffer.html

Haaa, pues creo q estas aun metido mucho en c++, ahora un string es un objeto, el cual podes manipular llamando a sus métodos, te daré una lista de métodos q te pueden ayudar.

length(), devuelve un entero, el cual es el tamaño del string

charAt(int index), te devuelve el char del string en la posicion index q le mandaste
Ej:
String ene = "Este es un string";
char c = ene.charAt(3);
c contendrá el char en la posición 3 la cual es 'e'

indexOf(String cosa), indexOf(char cosa), donde cosa es una letra en el caso de char o una frase en el caso de string, y devuelve la posición donde esta la palabra o char, si no esta, devuelve -1

substring(int inicio, int final), saca un string de otro
Ej:
String ene = "Hola mundo";
String coso = ene.substring(5,9);
coso contendra "mundo"

toLowerCase(), retorna el string con sus caracteres en minúsculas
toUpperCase(), igual pero mayúsculas

equals(String coso), retorna true si el string es igual a coso, false si no
equalsIgnoreCase(String coso), igual, pero ignora si los carácteres son minúsuclas o mayúsculas