Java - JAR, Linux, y NetBeans 4.1

Hola a todos,
he hecho una aplicación, desenvolupada mediante el NetBeans 4.1. La he empaquetado en un jar. En windows me funciona a la perfección. Pero en Linux no, recibo el maldito error de que falta no se que clase (la primera que encuentra en el fichera main).
Alguien sabe como debo hacerlo para que el jar funcione en linux? Estoy dispuesto a incluir un package, o a modificar incluso los archivos fuente.
Es mejor que lo compile a mano y lo empaquete tambien a mano? Como se hace?

Gracias.

Yo tengo una aplicaicon que corre en ambos entornos.

cuando aparece que te falta una clase es porque estas referenciando mal tus librerias.
Me explico,
cuando trabajas en windows, agregas los jars correspondientes a las librerias de netbeans, y eso (en algunos casos) te modifica tu variable de entorno CLASSPATH que es la que referencia tus librerias.

para no atarte a sistemas operativos, dentro del jar existe un archivo MANIFEST.MF que le agregas una linea llamada classpath: xxx.jar hdhdh.jar lib20.jar
hasta que completas tus librerias.

Espero haber ayudado,

Ing. Danilo Juvinao Guette