RE:Conectar JComboBox a una BD sin usar vectores
Creo que no es nada usual tener un combo de 5000 registros, los combos son generalmente usado para pocos registros, ya que el usuario se le va acomplicar bastante utilizar tu aplicacion, deberias de buscar la manera de cambiar tu interfaz de usuario, en lugar de un combo porque no usas una consulta rapida en la que introduzcas algun dato, por ejemplo si el combo es de productos que introduzcas el nombre y despues te aparezca una lista de productos que coincidieron con el criterio de busqueda, y que despues el usuario seleccione el que le intereso, eso remplazaria al combo.
Contestando tu pregunta los motores de BD generalmente contienen funciones para traer la informacion por lotes por ejemplo que te traiga los registros del 1 al 200 y depues del 200 al 500 por la cuestion de la memoria de la maquina y el trafico en la red.
Espero te sirva la ayuda, saludos comunidad open source