¿Te refieres a agregar un .gif a un, por ejemplo, JLabel y que el .gif se reproduzca?
Las veces que he agregado .gif a mis programas no he tenido mayores problemas, salvo uno con hilos, pero no era que no se reproducía, sino que no aparecía.
No sé si te sirva de algo, pero yo agrego mis .gif de la siguiente forma:
javax.swing.*;
...
lblLabel.setIcon(new ImageIcon(getClass().getResource("Imagen.gif")));
Sé que ese no es tu problema, pero lo que quiero que notes es que no uso nada especial, simplemente lo agrego y solo se reproduce.
No creo haberte ayudado, pero a lo mejor el problema no va por el lado del .gif. Nos vemos.
