Java - Importar clase que no existe

Hola,
Solo por curiosidad, estoy trabajando en un proyecto j2ee (recién empezando), esto implica que todavía estoy armándolo, haciendo clases abstractas e interfaces, para que sean base para las clases que voy a usar, tengo en un directorio algunas clases abstractas, otras interfaces, que a futuro van a convertirse en una librería jar, pero el punto no es ese. Estoy usando el IDE eclipse 3.2.2, JDK 1.6 y jonas-tomcat 4.8.4, uso el framework Struts. La verdad no tengo ningún problema, solo que el otro día para ver otra cosa, saque del directorio una clases (donde tengo las clases que luego se van a convertir en un .jar), se supone que el eclipse debería reclamar ya que estoy importando una clase que no existe y además estoy usando un método que es de esa clase, y no paso nada, me fui al directorio .metadata para ver donde queda algún registro o archivo que guarda esa información y no lo encontré, cuando he hecho lo mismo en un proyecto java el eclipse reclama, jamás me dejaría importar una clase que no existe y menos ocupar un método de esa clase, a lo mejor esto es normal y recién ahora me doy cuenta. Ojala alguien me saque de mi ignorancia, ya que tiene que haber una explicación.
Ojo que no tengo ningún problema y he seguido avanzando en el trabajo, no es primera ves que hago un proyecto j2ee o java, pero me gustaría saber que es lo que pasa.

Gracias

Bueno, yo no uso Eclipse, pero te puedo comentar algo similar que me pasó en el NetBeans. Tenía un proyecto que se ejecutaba normalmente (compilaba y corría sin problemas). Por ello ejecuté el comando "Build Project" de NetBeans y me generó toda la estructura de carpetas del proyecto, incluído el jar y los .class en sus respectivas carpetas. Luego, borré el código fuente de una de las clases que era una de las más importantes, compilé y el programa seguí ejecutandose sin problemas. Esto también me extrañó. Y luego de mucho buscar y varias equivocaciones después me dí cuenta de que el archivo ".class" seguía en su ubicación y que no se había borrado después de la nueva compilación. Entonces, ejecuté el comando "Clean and Build Project" y en ese momento saltaron todos los errores que debería haber si no estaba la clase que borré. Luego busqué otra vez en la carpeta de los archivos ".class" y ya no estaba el que correpondía a la clase que borré. Y por lo tanto no podía crear ningún objeto de la clase ni usar ninguno de sus métodos.
Bueno, espero que esta anécdota te ayude, al menos en algo. Chau.

Aunque no lo creas, yo tenía chicleado construcción automática en el eclipse, por lo que al sacar el .java generó automáticamente las .class que correspondían, no había nada que dijera que existía esa clase. Me di cuenta porque estaba probando unos cambios y yo creí que había sacado todo lo que tenia que ver con esa clase, pero no era así, me quede plop al ver que estaba usando un método de la clase (ClaseInvisible.metodo()), al ver esto borre el import, y lo volví a poner y el eclipse no alego, es más al chiclear organizar importación, me puso el import solito, plop!!!!!