Java - rutas relativas en java netbeans 5.5

Muy buenas. Soy nuevo en java y netbeans. Estoy desarrollando una aplicación y necesito acceder a varios ficheros que están en una carpeta (ficheros de texto y un par de ejecutables). El problema es que noq uiero usar rutas absolutas. En el caso de los ejecutables uso la clase java runtime execution, al que le paso la ruta así: internal/source/svm_learn, pero me salta una excepción al ejecutarlo pq dice que no lo encuentra. ¿En que parte del proyecto debo colocar la carpeta para que la halle? ¿Lo estoy referenciando bien así? Antes trabajaba con el netbeans 5.0 y teniendo la carpeta dentro de la carpeta del proyevto me bastaba para poder ejecutarla dentro del entorno de netbeans, epro no una vez creado el .jar al ejecutarlo desde linea de comandos con java -jar. Pero ahora ni siuqiera me lo reconoce el netbeans. Necesito ejecutarlo desde ambos lados.
Muchas gracias a todos.