La diferencia fundamental recide en que javascript solo puede ejecutarse al nivel del cliente y Vbs lo hace a nivel del cliente y/o servidor.
Esto es en extremo importante, porque con una única versión del lenguaje (VBS) es posible realizar todas las funciones requeridas en el manejo de las páginas ASP. Ahora bien, esta aparente ventaja, tiene el inconveniente en la compatibilidad de los navegadores: Visual basic script, solo puede ser ejecutado en IExplorer, a diferencia de Javascript que es casi universal.
En mi caso personal, utilizo, en consideración de la compatibilidad de los exploradores, solo Javascript a nivel de cliente y VBS a nivel de servidor. Esto en la práctica significa, por ejemplo, que las acciones "puras" que se podrían realizar en una página HTML, como lo son el manejo de los frames, botones, layers , etc, son siempre controladas por Jsc, y las funciones de consulta de bases de datos, busqueda en las tablas, actualizaciones de recorsets, etc, las hago en VBS. Estas últimas se identifican como llamadas al servidor por el uso del caracter %.
Espero que te sirvan estos datos.