Linux - 64 bit LINUX e INTEL

Estoy corriendo un programa en LINUX y no funciona. Tengo la salida del mismo programa en otra maquina y si funciona. En la salida que no funciona dice 64 Bit Linux Version y en la que funciona dice 64 Bit Intel Version.
Se supone que el fuente es el mismo, o hay que hacer cambios en el programa ? o esta mal instalado en LINUX?
Muchas Gracias
Elsa

Anda que ... como no te expliques mejor ...

¿ Estás intentando hacer correr un ejecutable de windows en linux ?

Gracias Tom !. Me voy a fijar.
Elsa