Linux - montar linux y windows

tengo dos discos duros uno de 10gb y otro de 40gb en el de 10 deseo montra linux y en el de 40windows como lo hago normal o hay un procedimiento especial

primero instala windows en el disco de 40 que en el cable ide sera el maestro, despues linux. Por un problema de que windows sobreescribe el sector de arranque y perderias el gestor de arranque. (linux se instala en hdb)