PDF de programación - Parte de Algoritmos, de la asignatura de Programación Máster de Bioinformática

Objetivos
Bibliografía
Planificación

Parte de Algoritmos, de la asignatura de Programación

Máster de Bioinformática

Domingo Giménez Cánovas

Departamento de Informática y Sistemas

Universidad de Murcia

http://dis.um.es/˜domingo/algbio.html

[email protected]

Presentación, curso 2013-14

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos

Objetivos
Bibliografía
Planificación

Contenido

1 Objetivos

2 Bibliografía

3 Planificación

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos

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Bibliografía
Planificación

Por qué algoritmos para bioinformáticos

La bioinformática trabaja con grandes volúmenes de datos
(cadenas de caracteres) que hay que evaluar, manipular...
necesarias nociones básicas (en principio) de:

Programación
Algoritmos y Estructuras de Datos
Librerías de bioinformática

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos

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Bibliografía
Planificación

Conocimientos previos

De Iniciación a la programación

Variables
Expresiones
Bucles
Condicionales
Secuencias
... en Perl, Python en prácticas

¿Otros conocimientos?

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Algoritmos para Bioinformáticos

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Bibliografía
Planificación

Conocimientos finales

De programación básica

Practicar más con Perl. Y prácticas de Python con Francisco García

Nociones básicas de Estructuras de Datos

Arrays
Asociaciones, tablas Hash
Árboles
Grafos

Nociones básicas de Algoritmos

Conceptos de coste y análisis de algoritmos
Divide y Vencerás
Métodos Greedy (Avance Rápido)
Programación Dinámica
Búsquedas en árbol

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos

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Bibliografía
Planificación

Básica

PERL: James Tisdall. Beginning Perl for Bioinformatics.
O’Reilly. 2001.
Contenidos seleccionados de los capítulos 7, 8 y 9.
ALG: Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner. An introduction to
bioinformatics algorithms. The MIT Press. 2004.
http://bix.ucsd.edu/bioalgorithms/
Contenidos seleccionados de los capítulos 2, 4, 5, 6, 7, 8, 12.

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos

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Bibliografía
Planificación

Complementaria de Algoritmos y Estructuras de Datos

G. Brassard, P. Bratley. Fundamentos de Algoritmia. Prentice
Hall. 1998.
T. H. Cormen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest, C. Stein.
Introduction to Algorithms (3th ed). MIT. 2009.
G. García Mateos, J. Cervera López, N. Marín Pérez, D.
Giménez Cánovas. Algoritmos y Estructuras de Datos, Vol I
Estructuras de Datos, Vol II Algoritmos. Texto Guía
Universidad de Murcia- Diego Marín. 2003.
D. P. Mehta, S. Sahni. Handbook of Data Structures and
Applications. Chapman & Hall/CRC. 2005.

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos

Objetivos
Bibliografía
Planificación

Es aproximada. Consultar en
http://dis.um.es/˜domingo/algbio.html.

tema

Aleatoriedad

Asociaciones-Hash

libro-capítulo

PERL-7, ALG-12

PERL-8
PERL-9

ALG-2

ALG-4 y 5

ALG-6

ALG-7 y 8

fecha
31 Oct
6 Nov
7 Nov Cadenas-Expresiones regulares
8 Nov
13 Nov
14 Nov
18 Nov
19 Nov
20 Nov
25 Nov

Prácticas Python
Análisis algoritmos

Búsqueda exhaustiva y greedy

Programación dinámica

Divide y vencerás y Grafos

Prácticas Python

Prácticas Python

Domingo Giménez Cánovas

Algoritmos para Bioinformáticos