PDF de programación - R para comprender el papel de los datos, los modelos y la estadística en Ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Las TIC’s para la Enseñanza en

la UMU

para comprender el papel de los

datos, los modelos y la estadística en

Ecología

J.A. Palazón Ferrando

[email protected]

http://fobos.bio.um.es

Espinardo, 20 de Junio de 2006

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

1 A modo de introducción

Actividad y experiencia
Población objetivo

2 ¿Pero qué es R?

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

3 En la docencia en Ecología

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

4 Conclusiones

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Actividad y experiencia
Población objetivo

Docencia (2005–06)

Ecología (2o curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

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R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Actividad y experiencia
Población objetivo

Experiencia

1982 Docencia en Bioestadística, F. Veterinaria
(microaula)
Usuario del CPD: Bull 64DPS, SO GECOS
BMDP, SPAD, CEP, SYSTAT, STATGRAPHICS,
STATISTIX , ...
BASIC, FORTRAN, Pascal, sh, awk, S, ...
Responsable de microaulas de centro y departamento
(Veterinaria, Biología)
Escritura segura
Página personal
GNU/Linux / POSIX desde 1995

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Actividad y experiencia
Población objetivo

Estudiantes: algunos problemas

Escaso o nulo conocimiento de la interfaz gráfica
Escaso o nulo conocimiento de las TIC

Dificultades para comunicarse: escrito o hablado
Olvido rápido de conceptos
Uso coloquial de la terminología científica
Poca lectura de textos formales en castellano
Poco uso de la lengua inglesa

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Actividad y experiencia
Población objetivo

Estudiantes: algunos problemas

Escaso o nulo conocimiento de la interfaz gráfica
Escaso o nulo conocimiento de las TIC

Dificultades para comunicarse: escrito o hablado
Olvido rápido de conceptos
Uso coloquial de la terminología científica
Poca lectura de textos formales en castellano
Poco uso de la lengua inglesa

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

El gRande

Proyecto: documentado, revista propia, listas de
comunicación, participación de la comunidad, GPL, ...
versión 2.3.1
Librería desarrolladas por los usuarios
Crecimiento continuo del proyecto

librerías en 11/02: 300
librerías en 05/05: 500
librerías en 06/06: 730

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

S: un lenguaje natural

X

Orientado a objetos (funciones, modelos, variables, ...)
Para x1 escribimos x[1]
Para

x escribimos sum(x)

Para representar x escribimos plot(x)

plot(hclust(dist(x)))

J.A. Palazón

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Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

S: un lenguaje natural

X

Orientado a objetos (funciones, modelos, variables, ...)
Para x1 escribimos x[1]
Para

x escribimos sum(x)

Para representar x escribimos plot(x)

plot(hclust(dist(x)))

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

J.A. Palazón

R en ecología

7953812641023456Cluster Dendrogramhclust (*, "complete")dist(x)Height Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

Aspecto de R

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

Aspecto amigable de R

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R en ecología

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A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

Aspecto muy amigable de R

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R en ecología

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A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

R en la red

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R en ecología

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A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

Pero: ¿tiene R algunos inconvenientes?

¿en cuántas plataformas corre el programa?
¿cuántos funciones/métodos hay definidos en el
programa?
¿cuál es el lenguaje específico para procesar la
información?
¿cuántas matrices de datos puedo procesar de una vez?
¿cuánto cuestan los programas, la formación, el
mantenimiento, ...?
¿cuál es la curva de aprendizaje?
¿cuánta documentación hay disponible?
...

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Sobre el proyecto
R: lenguaje S
Usando R
Inconvenientes de R en la docencia

Inconvenientes de R según los alumnos

Está en inglés
Tiene muchas funciones
Hay que recordar las instrucciones
Cuesta escribir las expresiones

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

Descripción: Ecología

Asignatura troncal, anual
Licenciatura de Biología
9.5 créditos: 6.0 teoría, 3.5 prácticas
Dinámica de poblaciones:

15 horas de teoría con 2 prácticas 2.5 horas

191 alumnos matriculados

Recursos publicados desde mi página personal.
source("http://fobos.bio.um.es

/palazon/ecologia/dinpob.r")

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

crec.dd()

J.A. Palazón

R en ecología

0246810020406080N0= 1 ; R= 1 ; t= 10TN0204060801000510152025NProducción0204060801000.00.40.81.2NProducción per capita−20020406080120020406080N(t)N(t+1) Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

crec.dd(R=2)

J.A. Palazón

R en ecología

024681002060100N0= 1 ; R= 2 ; t= 10TN020406080100−2002040NProducción0204060801000.01.02.0NProducción per capita05010002060100N(t)N(t+1) Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

crec.dd(R=2,t=20)

J.A. Palazón

R en ecología

0510152002060100N0= 1 ; R= 2 ; t= 20TN020406080100−2002040NProducción0204060801000.01.02.0NProducción per capita05010002060100N(t)N(t+1) Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

crec.dd(R=2.3,t=20)

J.A. Palazón

R en ecología

0510152002060100N0= 1 ; R= 2.3 ; t= 20TN020406080100−4002040NProducción0204060801000.01.02.0NProducción per capita05010004080120N(t)N(t+1) Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

Descripción: EMC

Asignatura troncal, 4o, I cuatrimestre
Licenciatura de Biología
4.5 créditos: 1.5 teoría, 3.0 prácticas
12 prácticas con R
170 alumnos matriculados

Recursos publicados desde:

Servidor de hospedaje web de la UMU y
mi página personal

J.A. Palazón

R en ecología

Contenidos
A modo de introducción
¿Pero qué es R?
En la docencia en Ecología
Conclusiones

Ecología (1er curso)
Ecología Metodológica y Cuantitativa (4o curso)
Ecología Terrestre (5o curso)
Modelización de Sistemas Ambientales (4o curso)

Muestreador de poblaciones

J.A. Palazón

R en ecología

020406080100020406080100 llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllll