PDF de programación - R - Entornos gráficos y creación de paquetes

26/04/2014

Miguel Ángel Rodríguez Muiños

[email protected]

@mianromu



TAGS: #SLAltamar #GALPon #rstats



Programa:



 Introducción

o R como lenguaje de programación
o Los repositorios «oficiales»

 CRAN
 Bioconductor



 Entornos de usuario para R

o RCommander
o Rstudio
o Otros…



 Desarrollo de entornos gráficos para nuestros programas

o El paquete gWidgets2 (tcltk)



 Distribución y publicación de nuestras aplicaciones: Creación

de paquetes

o Creación de paquetes

 La función package.skeleton()
 Rtools
 Rstudio

o La Forja de R (R-Forge)
o Publicación en CRAN



 Referencias bibliográficas





Qué es R?



INTRODUCCIÓN

Programa estadístico? -> Lenguaje de programación



La estructura de R -> Base + packages



Repositorios Oficiales

- CRAN -> http://cran.r-project.org/

o El mirror de la OSL del CIXUG ->

http://ftp.cixug.es/CRAN/


- Biconductor -> http://bioconductor.org/



La Comunidad R-Hispano -> http://r-es.org/

- Asóciate! -> http://r-es.org/Hazte+socio



- La lista R-help-es -> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-

help-es


- Las Jornadas de R -> http://r-es.org/VI+Jornadas



La complejidad de comenzar con R (soluciones)

- EpiLinux ->

http://www.sergas.es/MostrarContidos_N3_T01.aspx?IdPaxina=50178


- BioStatFLOSS ->

http://www.sergas.es/MostrarContidos_N3_T01.aspx?IdPaxina=62658





ENTORNOS DE USUARIO

“La necesidad de los entornos gráficos de usuario (GUI)”



Rcommander -> http://www.rcommander.com/



Curso de Estadística básica con RCommander

Anuncio: http://osl.cixug.es/publicado-o-curso-analise-estatistica-
con-rcommander/

Acceso al curso: http://cursos.cixug.es/



Rstudio -> https://www.rstudio.com/



Deducer -> http://www.deducer.org/



RkWard -> http://es.wikipedia.org/wiki/RKWard



Red-R -> http://www.red-r.org/ ¿? ¿? ¿?







DESARROLLO DE ENTORNOS GRÁFICOS

El paquete gWidgets

http://cran.r-
project.org/web/packages/gWidgets/vignettes/gWidgets.pdf







Cómo empezar?























Editar un dataframe















Cómo recogemos los valores seleccionados?







Contenedores









Glayout: un contenedor tipo “grid”



Gnotebook: varias pestañas



Gframe: contenedor tipo ventana



Gexpandgroup: como gfraem pero el contenido puede ser ocultado



Panel ajustable entre dos grupos



“Truco” final



Una mejora de gWidgets: gWidgets2

https://github.com/jverzani/gWidgets2



Ejemplo:

CVRCALC.R: Una calculadora de Riesgo Cardiovascular por Scores







Código fuente: http://goo.gl/Xy66FH







CREACIÓN DE PAQUETES

La Forja de R (R-Forge)

http://r-forge.r-project.org/

R-Forge (http://r-forge.r-project.org/) ofrece una plataforma
central para el desarrollo de paquetes de R, además de software y
proyectos relacionados con R. Los paquetes alojados en R-Forge se
ponen a disposición de los usuarios en su código fuente, así como en
formato binario precompilado para diversos sistemas operativos.

Los desarrolladores de R-Forge organizan su trabajo en Proyectos. Al
llevar a cabo proyectos de software, el código fuente cambia con el
tiempo: se crean nuevos archivos, se modifican o eliminan otros, se
reescribe código, … Por lo general, varios autores trabajan en
varias ramas del programa y realizar un seguimiento de cada cambio
puede convertirse en una tarea complicada. Una solución general a
este problema es usar un sistema de control de versiones (SVN). Un
SVN realiza un seguimiento de la historia completa de la estructura
de archivos del proyecto. En cualquier punto de la etapa de
desarrollo es posible volver a cualquier etapa anterior en la
historia para inspeccionar y restaurar archivos antiguos. Como cada
etapa se asigna automáticamente una única versión que aumenta con el
tiempo, este sistema recibe el nombre de Control de Versiones. En R-
Forge se crea automáticamente un repositorio SVN (de control de
versiones) para cada proyecto. Los miembros del proyecto solo tienen
que instalar un cliente SVN de su elección para acceder a su
repositorio. Además de la copia de seguridad inherente de cada
versión dentro del repositorio se genera, diariamente, una copia de
seguridad del repositorio entero.

CREACIÓN DE PAQUETES



El tutorial de Francesc Carmona ->
http://www.ub.edu/stat/docencia/Cursos-
R/Radvanced/materials/Crear_paquetes_R.pdf



EL PAQUETE CVRCALC

http://cvrcalc.r-forge.r-project.org/



DESCRIPTION

NAMESPACE

LICENSE

cvrcalc_gui()

dorica()

framingham_c()

R

cvrcalc.R

framingham_w()

cvrcalc-package.Rd

cvrcalc_gui.Rd

hrs()

lrs()

dorica.Rd

regicor()


c
l
a
c
r
v
c

Man

framingham_c.Rd

framingham_w.Rd

hrs.Rd

lrs.Rd

regicor.Rd







DESCRIPTION

1 Package: cvrcalc
2 Type: Package
3 Title: Cardiovascular Risk Calculator
4 Version: 1.0
5 Date: 2013-02-13
6 Author: Maria Teresa Seoane Pillado and Miguel Angel Rodriguez Muinos
7 Maintainer: M. A. Rodriguez Muinos <[email protected]>
8 Description: A cardiovascular risk calculator by scores
9 Depends: R (>= 2.10.0), XLConnect, gWidgets, gWidgetstcltk
10 License: GPL-2
11



NAMESPACE

1 exportPattern("^[[:alpha:]]+")
2
3 import(XLConnect)
4 import(gWidgets)
5 import(gWidgetstcltk)
6



LICENSE

1 This software is distributed under the terms of the GNU General Public
2 License as published by the Free Software Foundation; either version 2
3 of the License, or (at your option) any later version.
4
5 A copy of version 2 of the GNU General Public License is in file GPL-2
6 in the sources of this package, and is also available at
7 http://www.r-project.org/Licenses/
8



cvrcalc.R

1 #########################################################################
2 ## CVRCALC: A Cardiovascular Risk's Calculator by Scores
3 ## Developers: M Teresa Seoane Pillado & Miguel Angel Rodriguez Muinos
4 ## Contact: mail [at] leugimsan.es
5 ## From: A Coruna, Spain
6 ## Version: 1.0
7 ## creation Date: 2013/02/13
8 ## Last Version Date: 2013/08/08
9 #########################################################################
10
11 # require(XLConnect)
12 # require(gWidgets)
13 # options(guiToolkit="tcltk")
14 # require(gWidgetstcltk)
15
16 cvrcalc_gui=function()
17 {
18 options(guiToolkit="tcltk")
19 modelos=c("Please, Select a model...",
20 "Dorica",
21 "Classic Framingham",
22 "Framingham-Wilson",
23 "Regicor",
24 "High Risk Score",
25 "Low Risk Score")
26
27 win=gwindow("CVR-CALC")
28 group=ggroup(horizontal=FALSE, container=win)
29 texto=glabel("A Cardiovascular Risk Calculator using estimation by
Scores", container=group, font.attr=list(style="bold"))
30 addSpring(group)
31 addSpace(group,15)
32 modelo=gcombobox(modelos, container=group)
33 addSpring(group)
34 boton=gbutton("Run", container=group,
35 handler=function(h,...)
36 {eleccion=svalue(modelo)
37 print(eleccion)
38 if (eleccion==modelos[2])
39 dorica()
40 else
41 if (eleccion==modelos[3])
42 framingham_c()
43 else
44 if (eleccion==modelos[4])
45 framingham_w()
46 else
47 if (eleccion==modelos[5])
48 regicor()
49 else
50 if (eleccion==modelos[6])
51 hrs()
52 else
53 if (eleccion==modelos[7])
54 lrs()
55 else
56 print("Please, Select a model.")
57 }

58 )
59 boton=gbutton("Help", container=group,
60 handler=function(h,...)
61 gmessage("Escribir aquí el HELP del cvrcalc.")

62 )
63 }
64
65
[.. aquí van las funciones…]
744
745 ### END ###



BIBLIOGRAFÍA



- R Core Team (2012). Writing R extensions



- Rossi, P.(2006). Making R Packages Under Windows: A Tutorial.

- Leisch, F. (2009). Creating R Packages: A Tutorial.



- Falcon, S. and Gentleman, R (2006). Lab: Writing packages in R.



- Verzani, J (2007). gWidgets: API for building interactive GUIs

(useR!2007).


- Carmona, F (2013). Creación de paquetes de r en Windows (y

Linux)







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