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Con CreateFile abres \"D:\\\" o \"E:\\\" o como se llame, como si fuera un archivo y obtendrás un manipulador de archivo para la unidad. Después con DeviceIOControl pasas como argumento el manipulador de archivo obtenido e indicas el codigo de operación para expulsar (eject en inglés). Si miras en la documentacion de Win32 DeviceIOControl encontrarás el codigo de operacion para realizarlo. Cuando termines, cierras el manipulador de archivo con CloseHandle. Ok?
