C/Visual C - ¿Código de Seguridad?

Oigo hablar por todos sitios de fallos en sistemas operativos, vulnerabilidades en redes de tal tipo, programas que pueden ser creakeados, etc... Pero lo que no entiendo es por un lado como lo hacen los hackers para ver estas cosas y por otro como lo hacen los desarrolladores para que no haya estos fallos tan buscados por los hackers. Llevo más de mil horas picando código, primero en Java y ahora me he puesto con c++ y no se me pasa siquiera por la cabeza como empezar a hacer algún tipo de "sistema de seguridad". Por ejemplo esos virus que hay que encriptan el disco duro. Si el código de Windows está programado para que solo el usuario pueda hacerlo, que montaje hacen para encriptarlo sin que nadie se de cuenta? Y ya ni hablo de los virus worm, hackeos a servidores remotos y toda esa pesca, no entiendo nada de nada.
Conoceis algún libro que hable sobre esto desde el punto de vista de la programación? O aunque sea algún artículo que hable sobre el tema, he buscado bastante sobre esto y siempre me sale lo mismo: definición de cada tipo de virus y que hace. Pero de el cómo o de por que camino ni pio.
Que conste que no quiero hacer nada malo. No quiero problemas, pero no veo el gato al que mató la curiosidad, sinó al hombre que pisó la luna por esta.