Hola que tal, primero que nada, necesitas saber un poco de arreglos bidimensionales en C, aparte de la logica del llenado de las matrices y si es que se pueden multiplicar o no.
para el llenado de las 2 matrices deberas usar 4 variables, colA, renA, colB, renB y hacer 2 ciclos for anidados para el llenado de cada una, fijate muy bien en como manejas las variables en los ciclos ya que puedes llenar por renglon o por columna, si las matrices son cuadradas pues logico que se pueden multiplicar, si no tenes que hacer una comparacion, espero que la sepas.
Tengo un pequeño ejemplo en casa, ahora estoy en el trabajo, si me envias un mail, con gusto te lo envio por la noche Ok.
Suerte, todo es logica....
Atte Josh !! =)