Java - Librería que interactúe con otros programas

Hola, quisiera saber si existe alguna librería que me permita interactuar con otro programa. Específicamente con R, tengo que crear una interfaz gráfica para un proyecto que desarrollé en R. Quisiera que la interfaz me muestre las gráficas que brinda R, colocando datos de entrada como la base de datos en excel en la que trabaje y algunas variables.
Mi duda es ¿Existe alguna librería de Java que permita que interactúe con otro programa? Por ejemplo que modifique una imagen utilizando algunas de las opciones de Photoshop, etc.

Para que tú mismo te des cuenta de lo que estás "ideando", te propongo que intentes lo contrario:
Haz un programa en R que haga cualquier cosa y que permita que cualquier otro ejecutable (además del usuario) en el sistema interactúe con él.