Java - Ayuda con un bug en mi programa

Buenas, estoy desarrollando un programa en Java como proyecto de mi universidad junto con unos compañeros, el juego es un Mario bros, clon del primer Mario bros, pero con algunas características añadidas como el multijugador, ya llevo el programa bastante avanzado, incluso ya se puede jugar, pero hay un detalle, al momento de que el jugador pierde sus 3 vidas, el programa se vuelve "Loco" por así decirlo, y se empieza a descontrolar todo lo mostrado en pantalla, no encuentro la razón de esto, utilice el debug del IDE (Neatbeans) Y creo que el problema esta en los Thread que utilizo en el programa, debido a esto que aparece :


La verdad ya llevo tiempo buscando el problema pero aun no doy con la solución, les dejare el repositorio donde tengo el proyecto entero para que puedan Clonarlo/Descargarlo : https://github.com/Jumicode/Mario_PROYECTO

Una explicación de la funcion de cada clase:
Main: para usar el objeto de ventana
Ventana: para mostrar todo en pantalla
Scene: para la lógica del juego y poder decirle a ventana que se va a imprimir
Enemigo: para represar a los enemigos
Mario: para representar a los jugadores
Objeto: para representar las monedas, corazones, tubos y bloques
Música: para reproducir el sonido del juego

Si necesitan algun detalle extra que quieran saber, me lo dicen, gracias por leer y espero alguna respuesta