Java - Comparar fichero en java

Tengo un dos ficheros de texto y quiero compararlos y añadir las lineas que no existen en uno de los ficheros a otro temporal. Es decir, tengo un el fichero principal y otro secundario, el fichero de texto principal tiene unas frases que puede ser que no coicidan con algunas de las del las frases del fichero secundario, estas lineas las quiero guardar en otro fichero temporal.

Mi problema es que no consigo resetar los buffers.
Si alguien tiene un metodo mejor me gustaria que me dijera como y los problemas o inconvenientes del mio.

Muchas gracias de antemano.


public class Linea {

public static String linea1,linea;
public static int noexiste=0;

public static void fichero(){

try {
FileReader entrada= new FileReader("principal.txt"); //abre el fichero de entrada.
FileReader entrada1= new FileReader(secundario.txt); //abre el fichero de entrada.
FileWriter salida= new FileWriter("temp.txt"); //abre el fichero de salida.

BufferedWriter BufferSalida = new BufferedWriter(salida); //crea un Buffer de salida.
BufferedReader BufferEntrada = new BufferedReader(entrada); //crea un Buffer de entrada.
BufferedReader BufferEntrada1 = new BufferedReader(entrada1);//crea un Buffer de entrada.

while ((linea1= BufferEntrada1.readLine())!=null){

while ((linea= BufferEntrada.readLine())!=null){

if (linea.compareTo(linea1)==0)
noexiste=1;

}

if (noexiste==0) {
BufferSalida.write(linea1);
BufferSalida.newLine();
BufferSalida.flush(); //borra el buffer de escritura.
}

noexiste=0;
}

} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
}
}