Java - Aplicación web en tomcat5 debian

Hola, soy bastante nuevo en la programación java y he hecho una pequeña aplicación web que pretendía colgar en un tomcat en debian pero no hay manera . La aplicación funciona ok en el IDE (netbeans) en linux, y también en el de windows e incluso en tomcat en windows. El problema está con la conexión con el mysql, ando perdido porque no se si he de añadir la libreria en el proyecto o indicarselo al servidor (tomcat5) no sé si alguién sabe por donde van los tiros y puede darme una pistilla se agradecería, os adjunto el log de tomcat por si puede ayudar algo.
Gracias.

LOG TOMCAT5

006-12-11 23:21:11 StandardContext[/servlets-examples]ContextListener: contextInitialized()
2006-12-11 23:21:11 StandardContext[/servlets-examples]SessionListener: contextInitialized()
2006-12-11 23:21:12 StandardContext[/jsp-examples]ContextListener: contextInitialized()
2006-12-11 23:21:12 StandardContext[/jsp-examples]SessionListener: contextInitialized()
2006-12-11 23:23:25 StandardWrapperValve[Controlador]: Servlet.service() for servlet Controlador threw exception
java.lang.NullPointerException
at Vsg.Mantenimientos.Web.Gestion.getUsuarios(Gestion.java:926)
at Vsg.Mantenimientos.Web.Controlador.processRequest(Controlador.java:349)
at Vsg.Mantenimientos.Web.Controlador.doPost(Controlador.java:724)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:709)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:802)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:252)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:173)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:214)
at org.apache.catalina.core.StandardValveContext.invokeNext(StandardValveContext.java:104)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.invoke(StandardPipeline.java:520)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invokeInternal(StandardContextValve.java:198)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:152)
at org.apache.catalina.core.StandardValveContext.invokeNext(StandardValveContext.java:104)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.invoke(StandardPipeline.java:520)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:137)
at org.apache.catalina.core.StandardValveContext.invokeNext(StandardValveContext.java:104)
at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke(ErrorReportValve.java:118)
at org.apache.catalina.core.StandardValveContext.invokeNext(StandardValveContext.java:102)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.invoke(StandardPipeline.java:520)
at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke(StandardEngineValve.java:109)
at org.apache.catalina.core.StandardValveContext.invokeNext(StandardValveContext.java:104)
at org.apache.catalina.core.StandardPipeline.invoke(StandardPipeline.java:520)
at org.apache.catalina.core.ContainerBase.invoke(ContainerBase.java:929)
at org.apache.coyote.tomcat5.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:160)
at org.apache.coyote.http11.Http11Processor.process(Http11Processor.java:799)
at org.apache.coyote.http11.Http11Protocol$Http11ConnectionHandler.processConnection(Http11Protocol.java:705)
at org.apache.tomcat.util.net.TcpWorkerThread.runIt(PoolTcpEndpoint.java:577)
at org.apache.tomcat.util.threads.ThreadPool$ControlRunnable.run(ThreadPool.java:684)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:595)