Java - como encriptar o quitar acceso en java una carpeta

hola!! sigo con el dilema de antes, lo k pasa esk si elijo usar ficheros tengo el problema de k el k use la aplicacion ande en la carpeta donde esten estos ficheros k pueden contener informacion que el a introducido o informacion necesaria para volver a cargar la aplicacion y x eso me gustaria saber como no dejar entrar a esa carpeta o en todo caso encriptarla

gracias