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Si lo que quieres es acceder y ejecutar las funciones de una librería compartida de Windows (con extensión .dll) desarrollada en C desde un programa Java, es posible hacerlo utilizando la Interfaz de Java Nativo (JNI) que proporciona la unión entre tu aplicación Java y el código nativo. Si haces esto trabajas con lo que se llama Java sucio, ya que tu aplicación ya no será portable, sólo podrá funcionar en máquinas con Windows.
