Debes ser un poco mas especifico. Intentare adivinar.
Si deseas cerrar la ventana, usa el metodo dispose().
Si deseas salir abruptamente, System.exit() (no recuerdo si lleva parametro o no)
Si tienes una hebra, debes usar banderas (booleanos) para frenar la ejecucion. En ese caso, debes implementar un metodo que pare la hebra (solo tengo claro que no se debe usar el metodo stop() que ofrece Thread, supuestamente no es seguro)
Si quieres salir de un for( ... ) puedes usar "break" o tambien implementar banderas.
Espero te ayude.
